医療法人やクリニックでIT導入補助金2025を活用！レセコンや電子カルテなどの補助額は？

医療法人やクリニック、薬局などで業務効率化のためにITツールを検討している方も多いでしょう。

本記事では、医療法人やクリニックなどで申請できるIT導入補助金2025の申請枠や補助金・補助率、申請手順などを徹底解説します。

また、申請時の料金シミュレーションやIT導入補助金2025を活用してITツールを導入するメリットなどもまとめているため、ぜひ参考にしてください。

医療法人やクリニックにおけるDXの課題や現状は？

近年、医療法人やクリニック、中小規模の病院や薬局では、業務の効率化や情報管理の高度化を目的としたDX（デジタルトランスフォーメーション）の必要性が急速に高まっています。

一方で、現場では次のような課題が顕在化しています。

・電子カルテやレセコン（レセプトコンピュータ）の導入が進んでいない、または古いシステムを使い続けており、操作性や連携面に課題がある
・アナログ業務が多く、紙ベースの記録や請求処理に時間がかかる
・IT人材が不足しており、システム導入や管理に不安がある
・非営利法人や小規模な医療機関では、システム導入にかかる初期費用の負担が大きく、DX化が進みにくい

こうした課題を解消し、より良い医療サービスを提供するための手段として注目されているのがIT導入補助金です。

この制度を活用すれば、電子カルテやレセコンといった医療用ITツールの導入費用の一部が補助対象となり、経済的なハードルを下げながらDXを進めることができます。

医療法人やクリニックでIT導入補助金2025の対象となるITツールは？

IT導入補助金2025では、医療法人やクリニック、病院、薬局などの医療機関が導入するさまざまな業務支援ツールが補助対象となります。

診療や請求に関わるものから、受付・在庫・勤怠といったバックオフィス業務まで、幅広い分野のITツールが補助を受けられます。

ここでは、実際に補助金の対象となっている代表的なツールと導入メリットをまとめているため、ぜひ参考にしてください。

電子カルテ

電子カルテは、患者の診療記録、検査結果、処方履歴などをデジタルで一元管理できるシステムです。

従来の紙カルテに比べて、検索性や可読性に優れ、他の医療スタッフとの情報共有もスムーズになります。

医療ミスの防止や業務効率の向上といった面でも導入効果が高く、DX推進の中心的なツールといえるでしょう。

IT導入補助金2025では、「セコム・ユビキタス電子カルテ」「電子カルテシステムWith」「ペトレルプラス」など、多くの電子カルテシステムが補助対象として登録されています。

レセコン（レセプトコンピュータ）

レセコンは、保険診療における診療報酬請求（レセプト業務）を自動化するシステムです。

複雑な保険点数計算や入力ミスを防ぐ機能が備わっており、事務作業の負担を大幅に軽減します。

特に電子カルテと連携することで、診療から請求までを一貫して管理できるようになります。

補助金対象ツールには、「ORCA」「MAPs for CLINIC」などがあります。

予約・受付システム

予約・受付システムは、オンライン予約の受付、来院時の自動受付、再来受付管理などを通じて、患者の利便性を高めながら受付業務を効率化するツールです。

待ち時間の短縮や院内の混雑緩和にもつながるため、患者満足度の向上にもつながります。

補助対象としては、「ドクターキューブ」「RESERVA」などのシステムが登録されています。

オンライン診療システム

オンライン診療システムは、患者が自宅などからビデオ通話で診療を受けられる仕組みを提供します。

問診票の事前送信、診療内容の記録、処方箋の発行といった一連の流れをオンラインで完結できるため、通院が困難な患者や感染症予防への対応策として有効です。

代表的な補助対象ツールには、「デジスマ診療」などがあります。

在庫管理・物品発注システム

医療機関では、薬品や消耗品など多種多様な物品を日常的に使用するため、在庫管理の効率化は重要なテーマです。

在庫管理システムを導入すれば、使用量の可視化、発注の自動化、棚卸作業の簡素化などが可能になり、経費削減にもつながります。

補助金の対象としては、「スマートマットクラウド」「MICS」「zaico」などがあります。

勤怠管理システム

医療現場では、スタッフの勤務状況やシフトの管理も煩雑になりがちです。

勤怠管理システムを導入すれば、出退勤の自動記録、シフト作成、有休や残業の管理を一元化でき、労務リスクの軽減や働き方改革の実現にもつながります。

また、会計ソフトとの連携によって給与計算も効率化できます。

IT導入補助金の対象ツールとしては、「KING OF TIME」「ジョブカン」「freee人事労務」などが登録されています。

IT導入補助金2025が活用できる医療法人やクリニックの対象条件

IT導入補助金2025は、すべての事業者が申請できるわけではなく、中小企業基本法に基づいた「中小企業・小規模事業者等」であることが条件となります。

医療分野においては、医療法人、クリニック、病院、薬局などが対象業種に含まれており、従業員数の上限にも注意が必要です。

以下、医療機関における対象条件

業種	従業員
医療法人	300人以下

この条件を満たしていれば、IT導入補助金の申請が可能です。なお、従業員にはパート・アルバイトを含む場合があるため、申請前に正確な人数の確認をしておきましょう。

また、非営利法人であっても、一定の事業活動を行っていれば対象となるケースもあるため、まずは制度要件を確認したうえで導入支援事業者に相談するのが確実です。

医療法人やクリニックのIT導入補助金2025の申請枠！補助率や補助額など紹介

IT導入補助金2025には複数の申請枠が設けられており、医療法人やクリニックをはじめとする医療機関も、目的や導入ツールに応じて最適な枠を選ぶことができます。

主に活用されるのは、以下の申請枠です。

・通常枠
・インボイス対応類型

通常枠は電子カルテやレセコンなど、医療業務の効率化を目的としたITツールの導入に活用される一方、インボイス対応類型は、インボイス制度対応に必要な会計・受発注管理ツールの導入を対象としています。

ここでは、それぞれの申請枠の特徴や補助率、補助対象経費について解説します。

通常枠：医療法人に特化したITツール申請

項目	通常枠A類型	通常枠B類型
補助率	1/2〜2/3
補助額	5~150万円未満	150~450万円以下
必要プロセス	1つ以上	4つ以上
賃上げ目標	加点	必須
対象経費	・ソフトウェア ソフトウェアの「購入費」「クラウド利用費（最大2年分）」 ・オプション ・導入関連費

通常枠は、業務効率化やDX推進を目的としたITツールの導入全般を対象とする申請枠であり、医療法人・クリニックが電子カルテ、レセコン、予約システム、在庫管理システムなどを導入する際に活用できます。

申請金額に応じて補助率は1/2〜2/3、補助額は5万円〜450万円未満。小規模クリニックや薬局でも利用しやすい申請枠です。

インボイス対応類型：医療法人で会計や受発注ソフトを申請

項目	インボイス対応類型
補助額・補助率	会計・受発注・決済ソフト	【小規模事業者】 ・50万円以下：4/5 ・50〜350万円以下：2/3 【中小企業者】 ・50万円以下：3/4 ・50〜350万円以下：2/3 ※50万円以下は1機能、50〜350万円は2機能以上を有するのが必須
	PCやタブレット	・10万円以下：1/2
	レジや販売機	・20万円以下：1/2
対象経費	・ソフトウェア 会計・受発注・決済ソフトウェアの「購入費」「クラウド利用費（最大2年分）」 ・オプション ・導入関連費 ・ハードウェア

2023年から本格運用が始まったインボイス制度に対応するための「会計ソフト・決済ソフト・受発注ソフト」の導入を支援するのがインボイス対応類型です。

医療法人でも、バックオフィスの請求処理や仕入れ業務などにおいて、会計処理の電子化や取引記録の保存対応が求められるようになっています。

補助率は最大4/5、補助額は5万円〜350万円未満で、パソコンやタブレットなどのハードウェアも対象になっているのが特徴です。

医療法人やクリニックなどでIT導入補助金を活用した料金シミュレーション

IT導入補助金2025を活用すれば、医療機関でのITツール導入にかかるコストを大幅に抑えることが可能です。

ここでは、医療法人・クリニック・病院・薬局それぞれのケースで、補助金を活用した具体的な料金シミュレーションを紹介します。

自院に近い事例を参考に、導入コストのイメージをつかんでください。

※以下、製品の価格は使用状況等によって異なるケースがあるため、目安としてご覧ください。

①医療法人のシミュレーション

通常枠での申請（補助率50%）

項目	金額
セコム・ユビキタス電子カルテ	350,000円
MAPs for CLINIC	960,000円/2年間
ドクターキューブ	500,000円/2年間
KING OF TIME	288,000円/2年間
導入サポート	600,000円
保守サポート	600,000円
合計の申請額	3,298,000円
合計の補助額	1,649,000円
実費	1,649,000円

②クリニックのシミュレーション

通常枠での申請（補助率50%）

項目	金額
電子カルテシステムWith	2,778,000円
日医標準レセプトソフト WebORCAクラウド版	52,800円/2年間
RESERVA	92,400円/2年間
導入サポート	600,000円
保守サポート	500,000円
合計の申請額	4,023,200円
合計の補助額	2,011,600円
実費	2,011,600円

③病院のシミュレーション

通常枠での申請（補助率50%）

項目	金額
MAPs for CLINIC	720,000円/2年間
ジョブカン勤怠管理	52,800円/2年間
MICS/Gaia	120,800円/2年間
導入サポート	300,000円
保守サポート	300,000円
合計の申請額	1,493,600円
合計の補助額	746,800円
実費	746,800円

④薬局のシミュレーション

インボイス対応類型での申請（補助率50〜80%）

項目	金額
freee会計 スタンダード	215,520円/2年間
スマートマットクラウド	800,000円/2年間
導入サポート	500,000円
保守サポート	500,000円
パソコン購入	200,000円
ソフトウェアや導入関連費の補助額	1,427,013円
パソコンの補助額	100,000円
合計の申請額	2,215,520円
合計の補助額	1,527,013円
実費	688,507円

医療法人やクリニックでIT導入補助金2025を申請する手順

事務局の審査や交付決定までの期間によって多少差は出ますが、3〜7ヶ月程度を見込んでおくと安心です。

IT導入補助金2025を活用して医療法人やクリニックでITツールを導入するメリット

IT導入補助金2025を活用することで、医療法人やクリニック、病院、薬局などの医療機関には以下のようなメリットがあります。

・導入費用の最大4/5が補助される（申請枠や額などによって変わる）
・電子カルテやレセコンといった高額な基幹システムも導入しやすくなる
・人的ミスや事務作業を削減し、業務効率を大幅に改善できる
・患者対応の質が向上し、サービス満足度の向上にもつながる
・国の補助制度を活用することで財務負担を抑えつつDXを加速できる
・オンライン診療やクラウド活用など、将来の診療スタイルへの対応力が高まる
・非営利法人でも活用可能なため、幅広い医療機関にとって導入のチャンスとなる

IT導入補助金2025は、単なるコスト支援にとどまらず、医療現場におけるDX（デジタルトランスフォーメーション）推進の大きな後押しとなります。

人手不足や業務過多といった現場の悩みを解消し、医療の質と経営の両面を支える手段として活用できます。

まとめ

IT導入補助金2025は、電子カルテやレセコンをはじめ、予約管理・オンライン診療・在庫・勤怠まで、医療法人やクリニックで活用できるITツールの導入支援が可能です。ただし、公式にてITツールの登録をしているソフトに限るため、事前に確認しておきましょう。

基本的には、通常枠・インボイス対応類型での申請となり、補助額や補助率は異なります。

自院が対象なのか？導入したいITツールは申請できるのか？などについては、IT導入支援事業者に確認しつつ、申請を進めましょう。

弊社は2020年度から支援事業者として申請サポートを行ってきました。2024年度の採択率は「通常枠約93%」「インボイス対応類型約94%」です。

さまざまなITツールに対応しているため、お気軽にご相談ください。